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福建医科大学是福建省重点建设高校之一,其前身是创办于1937年的福建省立医学专科学校。1939年改名为福建省立医学院。1949年改称福建医学院。1969年,与福建中医学院、华侨大学医疗系合并,成立福建医科大学。1982年更名为福建医学院。1996年4月更名为福建医科大学。
学校已形成学士—硕士—博士人才培养体系,成为一所集教学、科研、医疗、预防和社会服务为一体的省属医科大学。2003年,被福建省人民政府确定为重点建设高校。同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。学校多次被评为福建省党建和思想政治工作先进高校、省文明学校、省“依法治校”示范校、省“校务公开”示范校、省计划生育先进单位、省卫生先进单位、省绿化模范单位和省级花园式单位等。2008年9月,学校被授予“全国教育系统抗震救灾先进集体”荣誉称号。
截至2013年9月底,学校有上街、台江2个校区,占地1300余亩,校舍建筑面积40多万平方米。有各类在校生23500多人,其中全日制的本科生13000多人、博士研究生240多人、硕士研究生2300多人,本科专业面向全国招生,并招收港澳台侨生和外国留学生。

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