新型冠状病毒的中间“祸根”可能是它?北京大学教授这样说……
长江日报-长江网2月2日讯新型冠状病毒感染的肺炎疫情汹涌,但病毒的传染源至今未明。北京大学工学院生物医学工程系教授朱怀球团队1月24日发表的研究文章提示,蝙蝠和水貂可能是新型冠状病毒的两个潜在宿主,其中水貂可能为中间宿主。消息一出,引来广大网友讨论。水貂是新型冠状病毒的中间“祸根”?研究结果是怎么出来的?2月1日,长江日报-长江网采访了朱怀球教授,毕业于华中科技大学的他,因工作原因多次来武汉,对武汉有着深厚的感情。
朱怀球教授团队的研究工作题为“深度学习算法预测新型冠状病毒的宿主和感染性”,发表于bioRxiv预印版平台,研究使用的是基于深度学习算法开发的VHP(病毒宿主预测)方法,用以预测了新型冠状病毒潜在宿主以及感染性。研究提示,与感染其他脊椎动物的冠状病毒相比,蝙蝠SARS样冠状病毒与新型冠状病毒具有更相似的感染模式。
此外,通过比较所有宿主在脊椎动物上的病毒传染模式,发现水貂病毒的传染性模式更接近新型冠状病毒。这说明,蝙蝠和水貂可能是新型冠状病毒的两个潜在宿主。
(图为朱怀球教授(后排左四)和他的团队。朱怀球提供)
对话
北京大学工学院生物医学工程系教授朱怀球
长江日报-长江网:研究结果是怎么出来的?
朱怀球:我们长期以来都从事微生物基因组的研究,主要是生物信息学算法和工具的研发。我所在的团队承担了一项生物安全国家重点研发计划的任务,专项为期三年,2020年是第三年。像新型冠状病毒这一类新发现病毒,正是这个课题需要研究的问题。近几年来,我们发展了各种微生物组学、病毒组学的生物信息学算法,主要是基于机器学习、深度学习等原理。这一次新型冠状病毒肺炎的出现,我们的研究派上了用场,也体现了这个国家重点专项的意义和重要性。
新型冠状病毒肺炎暴发以来,我们与浙江大学传染病诊治国家重点实验室的肖永红教授联合攻关,运用我们自主发展的算法,大规模分析了现有数据,包括新型冠状病毒及其他冠状病毒的基因序列,以及GenBank(基因数据库)中所有可用的脊椎动物病毒数据等。概括地讲,我们的工作是在长期积累的背景下完成的,并非一朝一夕的结果。同时,我也非常感谢整个团队的努力。最近一段时间,我们整个团队都在连轴转,基本没有休息。参加这项工作的研究生也包括了家在湖北的同学,他们都是顶着疫情变化带来的压力在工作,目前还有部分学生留在实验室,大部分通过远程进行计算和分析。
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